단일세포 전사체 분석(scRNA-seq)은 세포 간 이질성과 세포 타입 및 상태를 정밀하게 분석할 수 있는 기술입니다.
기존의 벌크 수준 전사체 분석에서 놓치게 되는 생물학적 차이를 파악할 수 있다는 점에서 많은 주목을 받고 있습니다.
로킷제노믹스는 단일세포 오믹스 분석 전문 기업으로 다양한 분야의 scRNA-seq 프로젝트를 진행해왔으며, scRNA-seq에 대한 연구자분들의 뜨거운 관심과 니즈를 서비스 현장에서 직접 체감하고 있습니다.
이번 포스트에서는 연구 목적에 따라 선택할 수 있는 대표 어플리케이션 4가지를 소개합니다.
가장 기본이 되는 Gene Expression부터, Immune Profiling, CITE-seq, Multiome까지 단일세포 분석의 범위를 더욱 넓혀줄 어플리케이션을 하나씩 소개해드리겠습니다.
🔬 Gene Expression: 가장 기본이 되는 단일세포 분석
단일세포 수준에서 유전자 발현을 분석하는 scRNA-seq은 세포 간의 유전적·기능적 다양성을 탐색하고, 세포 상태나 희귀 세포를 식별하는 핵심 목적으로 이용됩니다.
로킷제노믹스는 최신 플랫폼을 활용해 수천 개에서 최대 수만 개의 세포를 동시에 캡쳐하는 기술을 기반으로 단일세포 분석 서비스를 제공하고 있습니다.
scRNA-seq은 일반적으로 단일세포 상태로 해리된 세포 샘플을 사용하여 진행되지만,
조직 구조나 샘플 조건상 세포 해리 과정에서 세포가 잘 보존되기 어려운 경우에는 핵 분리를 통해 진행하는 snRNA-seq(single-nucleus RNA-seq)을 권장드리는 경우가 있습니다.
로킷제노믹스에서는 자체적인 tissue dissociation 서비스를 통해 세포 또는 핵 분리부터 scRNA-seq까지 일괄 제공하며, 샘플의 고유한 특성에 따라 최적의 실험 전략을 안내드리고 있습니다.
scRNA-seq은 다양한 세포 타입이 혼재된 조직 샘플 연구나, 유전자 발현 패턴의 차이를 파악해야 하는 연구에서 강력한 도구입니다.
대표적으로 종양 내 미세환경 분석, 조직 내 세포 다양성 파악, 희귀 세포 탐색 등의 목적으로 활용될 수 있습니다.
🛡️ Immune Profiling: 전사체 정보는 물론 TCR/BCR까지
Immune Profiling은 단일 세포 수준에서 전체 세포의 유전자 발현은 물론, 면역세포의 TCR/BCR 다양성까지 함께 분석할 수 있는 어플리케이션입니다.
scRNA-seq library 제작과 함께 V(D)J region enrichment를 통해 면역세포의 수용체 클론 정보를 동시에 확보할 수 있습니다.
면역계 반응을 단일세포 수준에서 파악해야 하는 모든 연구에 추천드릴 수 있는 분석으로,
특히 종양 면역학, 자가면역 질환 연구 등에 효과적으로 활용 가능합니다.
🧪 CITE-seq: mRNA 발현과 단백질 발현을 동시에
CITE-seq(Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing)은 mRNA 발현량 데이터와 함께 단백질 발현 정보까지 얻을 수 있는 멀티오믹스 분석 기술입니다.
타겟 단백질에 특이적으로 결합하는 oligo-tagged antibody를 통해 세포 표면 마커 단백질의 발현량을 NGS 기반으로 측정합니다.
이렇게 얻은 단백질 프로파일링 데이터를 scRNA-seq 데이터와 통합 분석하여 전통적인 flow cytometry보다 정밀한 분해능으로 세포 아형을 정의할 수 있습니다.
발현 정보와 기능적 정보를 함께 다룰 수 있어 단백질 마커에 기반한 명확한 분류가 필요한 경우 유용하며,
RNA 수준에서 탐지가 어려운 마커도 단백질 수준으로 검출이 가능합니다.
🧬 ATAC / Multiome: 염색질 접근성과 유전자 발현을 함께
scATAC-seq은 단일 핵 수준에서 염색질 접근성(chromatin accessibility)을 분석할 수 있는 기술로, 세포별로 open chromatin 영역 데이터를 얻을 수 있습니다.
Multiome은 scRNA-seq과 scATAC-seq을 동시에 수행하여 세포 내 전사체와 조절 요소의 정보를 통합적으로 얻을 수 있는 기술입니다.
단일핵 분리와 Multiome을 통해 염색질 상태와 유전자 발현 정보를 모두 얻을 수 있으며,
전사 조절 메커니즘이 중요한 연구 분야에 특히 추천드리는 서비스입니다.
🔎 내 연구에 맞는 어플리케이션은 무엇일까?
여러 scRNA-seq 어플리케이션 중에서도 연구 목적, 샘플 유형, 생물정보학 분석 범위에 따라 적합한 선택이 달라집니다.
로킷제노믹스는 다양한 서비스 옵션과 함께 실질적인 분석 노하우를 바탕으로 연구 목적에 꼭 맞는 전략을 제안드리고 있습니다.
서비스 범위와 진행 절차는 Single-cell RNA-seq 분석 서비스 페이지에서 확인하실 수 있습니다.
👉 연구 프로젝트 설계 중 고민되신다면, 언제든 저희 로킷제노믹스에 문의주세요.
👉 후속 포스트에서는 특수 조건에 적합한 scRNA-seq 어플리케이션도 소개해드릴 예정입니다.
